在樹結構的目錄系統中，任何目錄條目都可以是檔或子目錄。 樹結構的目錄系統克服了兩級目錄系統的缺點。 現在可以將類似的檔分組到一個目錄中。
每個用戶都有自己的目錄，並且不能進入其他用戶的目錄。 但是，用戶有權讀取根數據，但他不能寫入或修改此數據。 只有系統管理員才能完全訪問根目錄。
在這個目錄結構中搜索更有效率。 使用當前工作目錄的概念。 一個檔可以通過兩種類型的路徑訪問，無論是相對的還是絕對的。
絕對路徑是檔相對於系統根目錄的路徑，而相對路徑是相對於系統當前工作目錄的路徑。 在樹形目錄系統中，用戶有權創建檔以及目錄。
檔和目錄的許可權
樹形結構的目錄系統可能由多個層次組成，因此有一組許可權分配給每個檔和目錄。
許可權是R W X，與讀取，寫入和執行檔或目錄有關。 許可權分配給三種類型的用戶:所有者，組和其他人。
有一個區分目錄和文件的標識位。 對於一個目錄，它是d，對於一個檔，它是點(.)
以下快照顯示了在基於Linux的系統中分配給檔的許可權。 初始位d表示它是一個目錄。
